Depuis que Mallory, Jared et Simon sont venus emménager dans la vieille demeure de leur grand-tante, les phénomènes surnaturels se multiplient… Surtout après les étranges découvertes de Jared, le Livre magique d'Arthur Spiderwick et une pierre féerique qui rend visible d'horribles gobelins ! Une lutte s'engage entre les enfants et les affreuses créatures…
Maintenant, Simon, Jared et Mallory Grace sont sûrs que les fées existent et certains qu'ils n'auraient jamais dû voler le livre magique d'Arthur Spiderwick. Des gobelins invisibles à l'oeil nu traquent les enfants pour reprendre le fameux guide. Coup de chance, Jared trouve une lunette de pierre aux pouvoirs féeriques. Grâce à elle, il repère enfin ses ennemis ! La lutte entre le monde magique et les enfants Grace peut enfin commencer...